Время, часовой пояс и синхронизация

cron сверяет расписание с часами машины в её поясе (в Вики) — поэтому выгрузка стартовала в 9:00 по UTC.

Строка TZ=Europe/Moscow в файле расписания — обычная переменная окружения. cron передаёт её заданию, и date внутри выгрузки пишет время по Москве. Минуты и часы расписания cron при этом считает по поясу машины. Так и вышло: в 9:00 по UTC выгрузка запустилась и записала в журнал 12:00 MSK.

Поправить можно двумя способами. Первый — пересчитать время в расписании на пояс машины; Москва — UTC+3 круглый год. Второй — сменить пояс всей машины командой sudo timedatectl set-timezone Europe/Moscow: cron сразу начнёт считать расписание по новому поясу, но по-московски пойдут и остальные задания, и время в журналах. На серверах пояс обычно оставляют UTC: так журналы машин из разных городов сравниваются без пересчёта.